Le bassin du fleuve Sebou constitue le principal réservoir d’eau du Maroc et un
territoire propice à la biodiversité.

Zones humides et végétation, jouissent d’un riche peuplement halieutique et aviaire.

La lagune de la Merja Zerga, l’une des toutes premières zones humides d’Afrique du nord ouest et réserve naturelle classée site Ramsar, contient dans son écosystème des habitats favorables à l’avifaune, notamment migratrice. Elle abrite des espèces vulnérables ou menacées.

Sa principale caractéristique est de concentrer, en hiver, un très grand nombre de représentants d’une même espèce. Le grand gravelot (Charadrius hiaticula) par exemple, y rassemble 16,1% de ses individus existants.

Dans le haut bassin du fleuve Sebou, les torrents de l’Atlas parcourent des paysages où croissent le cèdre, le chêne et le chêne liège (Quercus suber). On trouve en aval la plus grande forêt du bassin, la Maamora, à l’est de Rabat.

Les eaux abritent les plus méridionales des truites fario (Salmo trutta fario). Dans certaines sections du Sebou la végétation abrite également les loches (Cobitis marocanna et Cobitis taenia).

La Merja Zerga présente une richesse variée d’habitats de joncs, de scirpes, de roseaux et de laîches. Elle abrite aussi des populations d'espèces importantes pour le maintien de la biodiversité comme le Héron pourpré (Ardea purpurea L.), auxquelles s’ajoutent des éléments remarquables de poissons amphibiens et reptiles.

Entre 100 000 et 180 000 oiseaux d’eau d’espèces différentes s’y réunissent régulièrement, ce chiffre pouvant dépasser 250 000 individus en pleine période de passage migratoire.