Urbani i industrijski razvoj, poljoprivreda, te izgradnja hidroelektrana i drugih hidrotehničkih objekata imali su veliki utjecaj na ekosisteme u nekim dijelovima liva Neretve.
Neki od glavnih problema u slivu su sljedeći:
  • Većina naselja i industrijskih kapaciteta nema postrojenja za prečišćavanje otpadnih voda, te se otpadne vode ispuštaju direktno u rijeku. 
  • Hidroelektrane ne vrše upravljanje vodama i akumulacijama na adekvatan način, čime se smanjuje sedimentacija i povećava erozija riječnih korita, te se urzokuju česte i brze promjene nivoa vode i temperature, kao i nestašica vode tokom ljetnog perioda.
  • Sistemi za vodosnabdijevanje ne mogu ispuniti potrebe svojih potrošača tokom ljeta zbog nedostatka adekvatnih vodnih resursa, ali također zbog stare infrastrukture i velikih gubitaka u distributivnoj mreži.
  • Deponije za otpad se često nalaze u blizini rijeke, te se u velikom broju slučajeva koriste bez posebnih mjera zaštite.
  • Divlje deponije se također nalaze blizu obala rijeke, utječući na njen kvalitet.
  • Površinske vode (u donjem toku) su zagađene vještačkim đubrivima i hemikalijama iz poljoprivrede.
  • Promjene u korištenju zemljišta i gubitak staništa uzrokovan amelioracijom terena kako bi se dobilo poljoprivredno zemljište.
  • Zaštićene močvare, ornitološki i ihtiološki rezervati se ne fininansiraju adekvatno, niti se njima na odgovarajući način upravlja.
  • Nejasna podjela odgovornosti između različitih niova vlasti i različitih tijela, institucionalni i finansijski problemi te problemi vezani za ljudske resurse u sektoru voda u BiH, imaju za posljedicu, između ostalog, nedovoljno razvijen, neusklađen i nesistematičan monitoring.
  • Učešće zainteresovanih strana u procesu planiranja, javne rasprave, te broj javnih kampanja u slivu Neretve rastu ali je sve to relativno nedovoljno. Civilni sektor u BiH je u razvoju i NVO sektor ima sve aktivniju ulogu u sektoru okoliša, što je vrlo važno jer će tokom narednih godina početi pripreme za izradu plana upravljanja slivom Neretve.

 rel= © WWF / Michel GUNTHER