- Kopnena vodna staništa (rijeke i potoci, jezera i akumulacije),
- Ogoljele ili slabo obrasle površine zemljišta (sipari, stijene),
- Travnate površine (livade, pašnjaci, alpski pašnjaci),
- Šume,
- Podzemna staništa (pećine),
- Obrađene nešumske površine i staništa sa korovom i ruderalnom vegetacijom (poljoprivredno zemljište),
- Razvijena i industrijska staništa (naselja i gradovi)
Iako riječni sliv Neretve obuhvata samo jednu petinu ukupne površine Bosne i Hercegovine, u njemu je nastanjeno više od jedne polovine ukupnog broja vrsta i nižih taksonomskih jedinica flore u Bosni i Hercegovini. U cijeloj Bosni i Hercegovini postoji oko 4000 vrsta i nižih taksonomskih jedinica flore. Riječni sliv Neretve ima otprilike 170 (u širem smislu) endemskih i reliktnih vrsta. Najveći broj endemičnih vrsta nalazi se u srednjem i gornjem toku riječnog sliva. Planine endemskog centra Hercegovine imaju 22 čisto endemske vrste, dok su četiri lokalne stenoendemske vrste na planini Čvrsnici. Najveći broj vrsta sa Liste rijetkih, ugroženih i endemičnih vrsta biljaka u Bosni i Hercegovini, može se naći u riječnom slivu Neretve, u srednjem i gornjem dijelu toka (oko 32% vrsta). Najveći dio ovog broja su vrste ilirskog flornog elementa, vrste u planinama endemskog centra Hercegovine, i arktoalpske vrste na najvišim planinskim vrhovima (alpski pašnjaci).
Vezano za riblje populacije, treba napomenuti da tri endemične vrste žive u gornjem dijelu sliva rijeke Neretve, te bi ove vrste trebalo zaštititi. Te vrste su Salmothymus obtusirostris oxyrhynchus, Leuciscus Svallize i Phoxinellus alepidotus.
Tri endemične vrste žive u srednjem dijelu sliva Neretve koje bi trebalo zaštiti, a to su Salmothymus obtusirostris oxyrhynchus, Leuciscus Svallize i Chondrostoma kneri.
Sedam endemskih vrsta ribe živi u donjem dijelu sliva Neretve koje bi trebalo zaštiti, a to su Salmothymus obtusirostris oxyrhynchus, Leuciscus Svallize, Chondrostoma kneri, Phoxinellus adspersus, Phoxinellus alepidotus, Chondrostoma pxoxinus i Leuciscusturskyi.
© WWF-Mediterranean / Michel GUNTHER
Fauna vodozemaca je istraživana samo u većem dijelu donjeg toka rijeke Neretve. Tu su prisutne tri endemične vrste, Proteus anguinus, Bombina variegata kolombatovici i Triturus vulgaris dalmaticus. Sve vrste su zaštićene osim vrste Rana dalmatina koja je ugrožena.
Fauna gmazova, kao i fauna vodozemaca, istraživana je samo u većem dijelu donjeg toka rijeke Neretve.
Prema istraživanjima koja su 2000. godine izvršena u Hutovom Blatu, koje se nalazi na listi zaštićenih područja u skladu sa Ramsarskom konvencijom, identifikovane su 163 vrste ptica iz 39 porodica, što sačinjava 51% svih vrsta pitca identifikovanih u Bosni i Hercegovini i 76,47% svih porodica ptica do sada identifikovanih u Bosni i Hercegovini.
U Bosni i Hercegovini, na nivou sliva rijeke Neretve, 1995. godine su uspostavljena dva Parka prirode:
- Hutovo Blato
- Blidinje na planini Čvrsnica.
Prenj-Čvrsnica-Čabulja, centralna hercegovačka regija Dinarida, ima preko 32 vrste endemičnih biljaka i drveća. Naučnici i ekolozi predlažu da se ovaj planinski lanac proglasi Nacionalnim parkom, te je relevantni nacrt zakona kojim se ovo područje proglašava zaštićenim već izrađen, i trenutno je u toku procedura njegovog donošenja u Vladi FBiH. Ako bi se ova područja povezala sa Parkom prirode Blidinje i predloženim Nacionalnim parkom Bjelašnica/Igman, BiH bi imala skoro 16% svoje teritorije zaštićenom, što je sve sa ciljem očuvanja biodiverziteta.