ฝ่ายทรัพยากรน้ำจืด WWF ประเทศไทย ให้ความสำคัญกับการทำงานในภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขงตอนล่าง นั้นก็คือ พื้นที่ส่วนใหญ่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ และพื้นที่บางส่วนของภาคเหนือของประเทศไทย
โดยมีเป้าหมายหลักในการดำเนินงาน คือ ภายในปี พ.ศ. 2563 พื้นที่ลุ่มน้ำโขงตอนล่างยังคงความอุดมสมบูรณ์ เป็นแหล่งน้ำที่มีคุณภาพ เป็นแหล่งผลิตอาหารที่อุดมสมบูรณ์ เป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของสรรพชีวิต ตอบสนองความต้องการในการดำรงชีพได้เหมาะสม รวมทั้งได้รับการบริหารจัดการ อนุรักษ์ ฟื้นฟู และใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืนบนพื้นฐานของการมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วน
โดยมุ่งเน้นการจัดการทรัพยากรน้ำจืดอย่างยั่งยืน ให้ความสำคัญกับการทำงานอย่างมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วน ในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำจืด
